In einem beschaulichen Küstenort unweit von Rocky Beach passieren seltsame Dinge: Ein alter, bärtiger Mann, der wie auf einer Treppe aus dem Meer kommt, versetzt nicht nur die Strandbesucher in Angst und Schrecken. Ein ruheloser Geist, der auf Rache sinnt? Die drei Fragezeichen fangen an zu ermitteln. Ob der neue Bewohner des alten Leuchtturms etwas damit zu tun hat? Oder der kauzige Seebär Jimmy Blue Eye am Hafen, der den drei Detektiven eine verworrene Legende über den Leuchtturmwärter Ape erzählt, der bei einem schlimmen Unwetter und überaus rauer See dem Meeresgott Poseidon ein Opfer dargebracht hat, und anschließend in das Meer gesprungen ist, weil er dachte, er würde für das Opfer seine geliebte Rachel wiederbekommen.

Seine Leiche wurde nie gefunden. Was das allerdings mit dem "bärtigen Mann aus der Bucht" zu tun hat, bleibt zunächst im Verborgenen. Ist es wirklich der Geist des alten Leuchtturmwärters, der immer noch sein Unwesen treibt? Justus, Peter und Bob gehen aber keiner Schwierigkeit aus dem Weg, um nach und nach Licht ins Dunkle zu bringen, vor allem in Anbetracht der Tatsache, dass im Ort seltsame Dinge passieren...

Mit "Die drei Fragezeichen ... und das Phantom aus dem Meer" ist den Machern eine überaus spannende und gut durchdachte Folge gelungen, bei der man auch durch einige ungeahnte, aktiongeladene Wendungen bis zuletzt mitfiebern kann und die deshalb das Zeug zum Klassiker hat.